Lembaga SMA Kristen 1 Tomohon didirikan pada tanggal 15 September 1951 dengan Nama SMA Kristen Tomohon di Kaaten Tomohon atas prakarsa dari Badan Pekerja Sinode Gereja Masehi Injili di Minahasa (BPS-GMIM) dibawah Dinas Pendidikan dan Persekolahan GMIM dan juga menjadi penyelenggara pada saat itu. Pada tahun 1959-1960 terjadi pergolakan permesta, sehingga SMA Kristen Tomohon dipindahkan lokasi ke Titiwungen, Manado. Pada Tahun 1961 SMA Kristen Tomohon berpindah lagi ke lokasi saat ini yaitu Talete 2, Tomohon (kompleks belakang kantor Sinode GMIM) dan direstui oleh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI (DPK).